Одним из важнейших элементов системы управления образовательным учреждением является учет доходов и расходов по образовательным программам (ОП) и расчет себестоимости образовательных и иных услуг. Перед современными образовательными учреждениями ставится задача улучшения качества образовательных услуг и повышение их эффективности. Для ее решения расширяются границы их финансово-хозяйственной самостоятельности. В настоящее время вузы меняют форму собственности и могут являться некоммерческими обществами. Изменение системы финансирования вузов предполагает разработку новых механизмов управления образовательным учреждением. В этих условиях становится неизбежным создание и освоение новых систем учета в образовательных учреждениях, которые направлены на обеспечение задач эффективного управления вузом. Прежде всего, это касается системы управленческого учета. Себестоимость оказываемых услуг - это совокупность расходов вуза в денежной форме на реализацию образовательных и иных услуг. Расширение финансовой самостоятельности вузов предполагает формирование достоверной информации о доходах и расходах вуза в целях управления ими. Целью данного исследования является выявление проблем учета доходов и расходов в образовательных учреждениях. Реализации цели исследования способствует использование методов сравнительного анализа, синтеза, графического метода для визуализации полученных результатов. Развитие системы управленческого учета доходов и расходов в образовательных учреждениях направлено на формирование эффективной системы информационно-аналитического обеспечения, предусматривающей развитие методики учета доходов и расходов, определение особенностей отчетности управления доходами и расходами. Предложена методика учета доходов, отражающая специфику деятельности образовательных учреждений, объединяющая расчет основных показателей доходов, отражение их на счетах и в регистрах управленческого учета и позволяющая формировать конкретные показатели доходов и расходов. Обоснован метод управления затратами, в рамках которого представлены классификационные признаки группировки. Метод учета расходов позволяет уточнить направления расходов в разрезе видов деятельности, источников финансирования, структурных подразделений, отдельных программ и мероприятий.