В статье рассмотрены вопросы совершенствования структуры региональной инновационной системы. В результате исследования определены четыре направления совершенствования структуры инновационной системы области. Согласно данным направлениям предложены рекомендации по совершенствованию механизма управления инновационным развитием Павлодарской области. Также выделены факторы, которые могут препятствовать инновационному развитию региона.