На территории Закатальского государственного заповедника отмечено около 900 видов различных растений. Растения распространены согласно вертикальной зональности. Из данных растений 11 видов (1,2%) составляют водоросли, 45 видов (5,0%) – грибы, 58 видов (6,4%) – лишайники, 49 видов (5,4%) – мхи, 23 вида (2,5%) – высшие споровые, 5 видов (0,5%) – голосеменные, 130 видов (14%) – однодольные, 677 видов (65,0%) – двудольные растения.